Die Plenarversammlung und der Hochschulrat können zur Erfüllung ihrer Aufgaben auch Kommissionen einsetzen. Im November 2015 hat der HSR zur Vorbereitung der Geschäfte der Bauinvestitions- und Baunutzungsbeiträge die "Fachstelle für Hochschulbauten" (FHB) als Kommission eingesetzt. Damit wird die FHB, die bereits als Arbeitsgruppe der SUK bestanden hatte, unter dem HFKG weitergeführt. Das Sekretariat wird vom Ressort Hochschulbauten der Abteilung Hochschulen des SBFI wahrgenommen. Gemäss ihrem Reglement beauftragt die FHB Fachexpertinnen und -experten mit der Prüfung der Gesuche für Hochschulbauprojekte und der Erstellung eines Berichts. Gestützt auf diesen Bericht erlässt die FHB Empfehlungen zuhanden des HSR. Nach Prüfung dieser Empfehlung gibt der HSR seinerseits eine Empfehlung zuhanden des WBF ab, das den definitiven Entscheid fällt.