Die Geschäftsführung der SHK leitet eine Fachkonferenz, die sich aus den 14 Amtschefinnen und -chefs der im Hochschulrat einsitzenden Kantone, einer Vertreterin des Generalsekretariats der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren EDK und zwei Vertretern des SBFI zusammensetzt. Die Generalsekretärin von swissuniversities und der Stabschef des ETH-Rates sind als Gäste vertreten. Die Fachkonferenz hat die Aufgabe, die Geschäfte des Hochschulrats zuhanden des Präsidiums der SHK vorzubereiten.