La segreteria della CSSU dirige una conferenza specializzata composta dai 14 capiufficio dei Cantoni rappresentati nel Consiglio delle scuole universitarie, da un rappresentante della Segreteria generale della Conferenza svizzera dei direttori cantonali della pubblica educazione (CDPE) e da due rappresentanti della SEFRI. La segretaria generale di swissuniversities e il capo di stato maggiore del Consiglio dei PF partecipano in qualità di ospiti. La Conferenza specializzata prepara gli affari del Consiglio delle scuole universitarie per la Presidenza della CSSU.