In beiden Versammlungsformen der SHK (Plenarversammlung und Hochschulrat) hat der Vorsteher des Eidgenössischen Departements für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF), Bundesrat Guy Parmelin, die Rolle des Präsidenten inne. Das Vizepräsidium der SHK wird durch Staatsrätin Sylvie Bonvin-Sansonnens, Vorsteherin der Direktion für Bildung und kulturelle Angelegenheiten des Kantons Freiburg und durch Regierungsrätin Dr. Silvia Steiner, Vorsteherin der Bildungsdirektion des Kantons Zürich, wahrgenommen.
Bundesrat
Guy Parmelin
Staatsrätin
Sylvie Bonvin-Sansonnens
Regierungsrätin
Silvia Steiner