La Conférence des hautes écoles (aussi bien en Conférence plénière qu’en Conseil des hautes écoles) est présidée par le Conseiller fédéral Guy Parmelin, chef du département fédéral de l’économie, de la formation et de la recherche DEFR. La Conseillère d'État Sylvie Bonvin-Sansonnens, responsable de la Direction de la formation et des affaires culturelles du canton de Fribourg et la Conseillère d’État Silvia Steiner, cheffe de la Direction de l’éducation du canton de Zurich occupent la vice-présidence de la CSHE.
Conseiller fédéral
Guy Parmelin
Conseillère d'Etat
Sylvie Bonvin-Sansonnens
Conseillère d’Etat
Silvia Steiner