En 2012, la Conférence universitaires suisse (CUS), à l’époque responsable de la mise au concours et du choix des projets, avait fixé en 2012 les programmes CUS et les projets de coopération et d’innovation (PCI) 2013-2016 en se basant sur les résultats de l’évaluation ex ante et en tenant compte des recommandations de la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS).
La Confédération soutenait des projets universitaires de coopération et d’innovation d’intérêt national au moyen de contributions liées à des projets au sens de la loi sur l’aide aux universités (LAU). L’objectif était de renforcer l’enseignement et la recherche sur des thématiques spécifiques, en y associant dans la mesure du possible les HES et le domaine des EPF à condition que ceux-ci apportent des moyens propres.