L’Assemblea plenaria tratta le questioni concernenti i diritti e i doveri della Confederazione e dei Cantoni firmatari del Concordato sulle scuole universitarie. Ad esempio, definisce i costi di riferimento e formula raccomandazioni in materia di borse di studio e prestiti. All’Assemblea plenaria partecipano tutti i Cantoni che hanno ratificato il Concordato sulle scuole universitarie. Essa si riunisce due volte all’anno.