Le Secrétariat de la CSHE dirige une Conférence spécialisée, qui se compose des cheffes et chefs d’office compétents des cantons, d’une représentante du secrétariat général de la Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique CDIP et de deux représentants du SEFRI. La secrétaire générale de swissuniversities et le chef d’état-major du Conseil des EPF y siègent comme hôtes. La Conférence spécialisée a pour tâche de préparer les affaires à l’intention de la présidence de la CSHE.