Zwischen 2001 und 2014 war die Schweizerische Universitätskonferenz (SUK) das gemeinsame Organ von Bund und Kantonen für die universitätspolitische Zusammenarbeit. Sie war gesetzlich verankert im Universitätsförderungsgesetz vom 8. Oktober 1999 einerseits und im Interkantonalen Konkordat über universitäre Koordination vom 9. Dezember 1999 andererseits. Sie wurde durch die Vereinbarung zwischen dem Bund und den Universitätskantonen über die Zusammenarbeit im universitären Hochschulbereich auf den 1. Januar 2001 als Nachfolgeorganisation der Schweizerischen Hochschulkonferenz eingesetzt (Geschäftsordnung).
Die SUK verfügte über bindende Entscheidungskompetenzen in definierten Bereichen und hatte folgende Aufgaben:
- Erlass von Rahmenordnungen über die Studienrichtzeiten und über die Anerkennung von Studienleistungen und Studienabschlüssen, die für die Vereinbarungspartner verbindlich waren;
- Gewährung von projektgebundenen Beiträgen;
- periodische Beurteilung der Zuteilung der Nationalen Forschungsschwerpunkte unter dem Gesichtspunkt einer gesamtschweizerischen Aufgabenteilung unter den universitären Hochschulen;
- Anerkennung von Institutionen oder Studiengängen;
- Erlass von Richtlinien für die Bewertung von Lehre und Forschung;
- Erlass von Richtlinien zur Umsetzung des Wissens im Forschungsbereich.
Überdies formulierte die SUK Empfehlungen zur Zusammenarbeit, zur Mehrjahresplanung und für eine ausgeglichene Arbeitsteilung im universitären Hochschulbereich, sie informierte über ihre Geschäfte und konsultierte die jeweils betroffenen Kreise.
Die SUK setzte sich zusammen aus den Erziehungsdirektorinnen und Erziehungsdirektoren der Universitätskantone, zwei Erziehungsdirektoren von Nichtuniversitätskantonen, dem Staatssekretär für Bildung und Forschung (ab dem 1. Januar 2013, SBFI) sowie dem Präsidenten des ETH-Rates. Mit beratender Stimme hatten auch Einsitz der Präsident der Rektorenkonferenz der Schweizer Universitäten (CRUS), die Leiterin des Ressorts «Universitäre Hochschulen» im SBF/SBFI sowie die Direktorin (bis 30. Juni 2012), bzw. der stv. Direktor des Bundesamtes für Berufsbildung und Technologie (BBT) (bis zum 31. Dezember 2012). Die Geschäfte der SUK wurden von einem Generalsekretariat geführt, das auch die Kommissionen der SUK begleitete: die Konferenz der Dienstchefs Hochschulwesen, die Fachstelle für Hochschulbauten sowie die Lenkungsausschüsse Chancengleichheit, Konsortium der Hochschulbibliotheken und Kostenrechnung.
Die SUK arbeitete eng zusammen mit der CRUS, die mit der Behandlung von Geschäften akademischer Art betraut war.
Mit dem Inkraftreten des Hochschulförderungs- und Koordinationsgesetzes (HFKG) am 1. Januar 2015 wurde die SUK aufgelöst und überliess den Platz der Schweizerischen Hochschulkonferenz.